目前豬糞的處理方法有很多，大致包括生物發酵處理、低等動物處理、用作飼料、直接返田處理、用豬糞開發生物有機肥料，還有生態工程學模式。其中生態工程學模式是比較有前景的，并且符合*的可持續發展觀。

生態工程學模式是利用生物學及生態學方法綜合治理環境污染。目的是盡可能地利用養分和能源，減少或消除環境污染物的排放。其處理方法一般均為多種方法組合。顯著優點是能夠達到除臭、滅菌、保肥等多種效果。具有較高的經濟效益和生態效益，值得在生產中推廣應用。干糞堆積發酵作有機基肥;豬糞尿和沖洗水進入化糞池，沉淀打撈。干濕分離后，水份進入水庫，水庫養魚;固體物可以用作綠色有機肥。